拓撲異構酶I，屬于第一型拓樸異構酶。(PDB1a36) 拓樸異構酶II，屬于第二型拓撲異構酶。
拓樸異構酶可依據其作用方式，而分為兩種類型：
第一型拓樸異構酶（Type I topoisomerase）：可將一條DNA雙股螺旋完全包覆，并以破壞磷酸雙酯鍵的方式切斷其中一股DNA，使其產生一個小缺口，此時另一股完整的DNA將會穿過此缺口，之后通道重新黏合。屬于這類型的有拓樸異構酶I（topoisomerase I）與拓樸異構酶III（topoisomerase III）等。
第二型拓樸異構酶（Type II topoisomerase）：可將一條DNA雙股螺旋上的兩股DNA皆切斷，產生缺口，使另一條雙股螺旋能夠穿過此缺口，之后再將通道重新黏合。屬于這類型的有拓撲異構酶IIα與拓撲異構酶IIβ等。
兩種類型皆可改變DNA的環繞數（linking number）。