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  • 發布時間:2018-08-01 20:09 原文鏈接: 掌上測序儀新玩法:空氣微生物實時測

    近日,英國基因組分析中心(TGAC)的研究團隊分享了利用MinION掌上測序儀,進行創造性研究。作為MinION首批試用者,TGAC摒棄以往需要把樣本帶回實驗室的做法,使用了微型測序設備對環境中成百上千種不同生物樣本進行現場物研究,以便研究人員能夠對實驗基因數據進行實時分析。

      該研究的目標是測定空氣中的細菌、芽孢、病毒等微生物分子。許多農作物、動物、人類的疾病都是由空氣中的孢子傳播。對該類樣本測序分析的一個技術難題就是,空氣中的生物樣本量非常少。該團隊利用人類微生物組計劃中20種細菌的DNA樣本建立了一個模擬的混合樣本。在完善實驗和數據分析方法后,又對真實的環境綜合那個樣本進行了測序,并將MinION 和 Illumina兩種平臺做了比較。

      在對環境研究中,科學家面臨的挑戰就是分析復雜的宏基因組,而便攜式的測序儀恰恰能夠解決這一問題。TGAC數據基礎設施及算法的項目負責人以及 MinION 訪問計劃工作小組的成員Richard Leggett博士說:“雖然我們的研究尚處初級階段,但是MinION確實可以對復雜的宏基因組進行測序。現有的測序平臺太大、成本也比較高,確實不適用于現場檢測分析;盡管MinION還不算完美,憑借小型化、成本低、文庫制備簡單和便攜等特點,它可以很好的用于現場檢測。”

      如果科學家們選擇MinION,其中很大的原因是由于這一測序裝置簡易、便攜、便宜。雖然它的錯誤率還不是那么令人滿意,但它確實可以產生高度精確的DNA分析結果。現在,研究人員開發了一個叫做NanoOK的工具,用于分析納米孔數據,輔助發現MinION的錯誤。研究人員還會使用一個名為Kontaminant的生物信息學工具,該工具最初是用于篩查樣本中是否有其他DNA的污染,現在被用于分析宏基因組樣本,并在平臺用于物種分析。


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