分析泵是離子色譜儀最重要的部件之一，分析泵工作正常的情況下，系統壓力和流量穩定，噪音很小，色譜峰形正常。與之相反，在分析泵工作不正常的情況時，系統壓力波動較大，產生噪音，基線的噪音加大，流量不穩并導致色譜峰形變差（出現亂峰）。故障原因主要5個方面
故障一、系統壓力波動大，流量不穩定
系統中進入了空氣，或者單向閥的寶石球與閥座之間有固體異物，使得兩者不能閉合密封，需卸下單向閥浸入盛有乙醇的燒杯用超聲波清洗。分析泵上的壓力傳感器有故障時也會造成壓力波動，應檢查傳感器旋鈕上的O型密封圈是否有磨損。
故障二、漏液
泵密封圈變形后，在高壓下會產生泄漏。泵漏液時，系統壓力不穩定，儀器無法工作，為延長密封圈的使用壽命，在使用了濃度較高的堿以后，要用去離子水清洗泵頭部分，以防產生沉淀物。
故障三、分析泵內有氣泡
處理方法為：分析泵提供充足的淋洗液,并且給淋洗液施加一定的壓力(通常小于35 kPa)。對于容易產生氣體的溶液可以先用真空脫氣,然后用惰性氣體在線脫氣的處理方法；若泵漏液，可更換泵密封圈。
故障四、系統壓力降低或無壓力
系統有泄漏時，壓力會降低。仔細檢查各種接頭是否擰緊。此外，當系統流路中有大量氣泡存在，進入泵內形成空穴，啟動泵后系統無壓力顯示，亦無溶液流出，為避免上述問題，流動相的容器要加壓（≤0.03MPa）；在儀器初次使用或更換淋洗液時要注意排除輸液管路內的空氣。
故障五、系統壓力升高
在系統的壓力超過正常壓力的30%以上時，可以認為該系統壓力不正常。壓力升高與以下幾種情況有關：
1）保護柱的濾片因有物質沉積而使壓力逐漸升高。更換濾片。
2）某段管子堵塞造成系統壓力突然升高。逐段檢查，更換。
3）室溫較低時如低于10℃時，系統壓力會升高。設法使室溫保持在15℃以上。
4）當有機溶劑與水混合時，由于溶液的粘度，密度變化壓力亦會升高。
5）流速設定過高使壓力升高，應按照色譜柱的要求設定分析泵的流速。
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