火焰滅菌一直是經典的微生物學處理方法，但在使用過程中會產生氣溶膠，并可使生物安全柜內氣流亂。因此，火焰滅菌不適合于生物安全柜內使用。
電子式滅菌器在功能方面不但可替代傳統的酒精燈等，而且還具有傳統火焰滅菌工具所無法比擬的優點，非常適于實驗室及生物安全柜內使用。
電子式火焰滅菌器體積小巧，備有完善的安全保護裝置，操作極其方便。所以世界衛生組織(WHO)及主要的生物安全柜制造廠商建議盡量不要在生物安全柜內使用火焰消毒而選用電子式滅菌器。
