1)操作前準備：局部麻醉、心電血壓及脈搏血氧飽和度的監測。
2)完成氣管支氣管分支的觀察，然后進行BAL，最后進行活檢或刷檢，這樣操作可減少醫源性出血對肺泡灌洗液中細胞和蛋白成分的影響。
3)BAL的部位：通常選擇影像學表現最顯著的部位；對于病灶局限者選擇病變肺段BAL；對于彌漫性病變，右中葉(B4或B5)和左舌葉是最佳的部位。
4)BAL的液體注入：支氣管鏡置入并崁頓在選定的肺段，當氣管鏡崁頓于支氣管的第三或第四級亞段，可獲得最佳的肺泡灌洗回收量。注入37oC或室溫無菌生理鹽水。通常經支氣管鏡的活檢孔用注射器注入灌洗液，每次注入20～60ml（常規進行4～5次），直到總共灌洗100～300ml。灌洗液過少（<100ml）則增加氣管和支氣管污染的可能，例如大氣道的炎性細胞能使灌洗細胞分類結果產生偏倚。
5)BAL的回吸收：第一管灌洗液注入后，需立即用50～100mmHg負壓吸引回收灌洗液，通常回收率為40～60%。負壓過強能使遠端的氣道陷閉或損傷氣道粘膜、減少回吸收量或者改變BAL液的性狀。對于懷疑肺泡出血的患者，通常在同一部位進行3管液體的灌洗。觀察回收的3管灌洗液的顏色呈逐漸加深。
6)合格的BALF標本：BALF中沒有大氣道分泌物混入；回收率>40%；存活細胞占95%以上；紅細胞<10%（除外創傷/出血因素），上皮細胞<3%～5%；涂片細胞形態完整，無變形，分布均勻。
7)BAL與支氣管沖洗和全肺灌洗的不同：沖洗液主要來自于大氣道，通常要求注入鹽水量為10～30ml，目的是對病灶肺段進行細菌學或脫落細胞等檢查。全肺灌洗是用于治療肺泡蛋白沉積癥的一種獨特的治療方法，需要在全身麻醉下，通過雙腔氣管內導管注入大量（30～50L）的無菌鹽水，用于清洗肺泡蛋白沉積癥患者的一側全肺。