1）麻醉藥過敏、鼻出血、咯血、發熱、感染等；
2）喉頭水腫：強行插入可能引起喉頭水腫，重者出現呼吸困難，必要時需即行氣管切開急救；
3）低氧血癥：動脈血氧分壓下降10-20 mmHg，對靜息動脈血氧分壓等于或小于60-70mmHg的患者，在行氣管鏡檢查前，應予吸氧并持續到檢查結束；
4）喘息及氣道痙攣，支氣管鏡的刺激可能發生廣泛的支氣管痙攣，故對有支氣管哮喘者，無論有無癥狀，均宜氨茶堿預防治療；
5）窒息：肺功能不全的患者可能在活檢后發生少量出血或繼發性支氣管痙攣，在檢查后數分鐘內發生窒息；
6）心跳驟停：強烈的刺激可能引起反射性心跳驟停；
7）腫瘤氣管、支氣管內種植轉移；
8）自發性氣胸、縱隔氣腫；
9）食管-氣管瘺、氣管穿孔、氣道梗阻窒息等，這些并發癥多與治療性支氣管鏡操作有關，如激光治療、APC消融治療等
10）其它主動脈瘤破裂等。