中樞神經系統的放射性損傷是一個復雜過程，主要與照射體積、分次量、照射總量有關，而與治療時間關系不大，其損傷多為不可逆性的嚴重損傷，如放射性壞死。在生殖細胞腫瘤治療過程中，發生放射性壞死的病例多見于NG－MGCTs，由于此類腫瘤放療劑量常常在50-60Gy之間或更高，加之化療其晚期反應損傷更易出現。對于生殖細胞瘤如采用本文推薦的放療劑量，則發生嚴重的放射性損傷如放射性壞死的機率極少，更多見的是對患兒生長、發育的遲發性影響。
① 智力障礙 在放療后數月至數年發生的腦白質異常、脫髓鞘改變、微血管的鈣化及腦萎縮是MRI上最常見到的放射后的影像學改變。這些變化導致了患兒認知功能紊亂、IQ下降，嚴重的會產生較大的語言障礙，這些損傷的發生與年齡、照射劑量、單次量、照射體積、是否行化療均相關聯。
② 身高的影響 兒童接受脊髓照射時，有4個因素影響其成長過程中的身高。a生長激素(GH)；b青春期的性腺分泌；c對骨骼生長的負面影響；d當睪丸或甲狀腺受照射時，發生功能減退。脊柱受照時，脊柱生長減慢，會出坐高較矮的現象。如果治療不包括脊髓，則放療后兒童的身高主要取決于GH。聯合放化療顯然會加重骨骼的生長緩慢。
因此，不進行全脊髓放療是最為有效的減少短脊柱發生方式。放化療綜合治療有效地減少了脊柱的照射量或不照射，對患者身高的影響較傳統的全腦全脊髓治療要好。
③ 甲狀腺 全腦全脊髓放療的位置接近甲狀腺，它有可能被照射導致甲狀腺功能低下，影響患兒生長發育
④ 性腺 研究表明：脊髓軸如果接受了35Gy的劑量，則睪丸卵巢接受的劑量分別為0.50-1.2Gy和0.9-l0Gy，由于睪丸和卵巢的位置不同，卵巢接受的劑量比睪丸要高。對患兒今后生育的影響，尚無足夠病例說明。
⑤ 其它 全脊髓照射時，內聽道受照導致中耳炎和聽力障礙；放療導致的繼發性腫瘤如腦膜瘤、膠質瘤及肉瘤均有不少報道。它的發生與放療劑量最密切，同時化療引起的基因損傷同樣可以誘發腫瘤的發生，如Sawarnara(1998)報告84例中有4例在放療后數年內生長了腦瘤，其中2例膠質母細胞瘤和2例腦膜瘤。應引起注意。