斯約格倫綜合征的唾液腺、淚腺以及體內任何器官都可以受累。淚腺、腮腺和頷下腺等體內呈大量淋巴細胞浸潤，以β細胞為主，重癥病例β細胞浸潤可似淋巴結的生發中心，腺體萎縮，導管的上皮細胞增殖形成上皮-肌上皮細胞鳥，腺管狹窄或擴張，后期被結締組織替代。腺外的淋巴樣浸潤可累及肺、腎或骨骼肌等引起其功能障礙。
有兩種主要病理改變：
（1）外分泌腺炎
在柱狀上皮細胞組成的外分泌腺體間有大量淋巴細胞包括漿細胞及單核細胞的浸潤，這種聚集的淋巴細胞浸潤性病變是本病的特征性病理改變。它出現在唾液腺（包括唇、腭部的小涎腺）、淚腺（包括眼結膜的小淚腺）、腎間質、肺間質、消化道黏膜、肝匯管區、膽小管及淋巴結，最終導致局部導管和腺體的上皮細胞增生，繼之退化、萎縮、破壞，以纖維組織代之，喪失其應有的功能。有人把唾液腺、淚腺以外組織中出現大量的淋巴細胞浸潤稱之為假性淋巴瘤。
（2）血管炎
由冷球蛋白血癥、高球蛋白血癥或免疫復合物沉積所致。是斯約格倫綜合征并發腎小球腎炎、周圍和中樞神經系統病變、皮疹、雷諾現象的病理基礎。
中醫病因病機
斯約格倫綜合征并發惡性淋巴瘤比正常人群高，因此當淋巴細胞浸潤較為突出而且細胞形態較為原始時，應注意惡性病變的可能。如果局部淋巴細胞結構出現了破壞，則說明它已轉化為惡性淋巴瘤。
（1）病因
有外燥、內燥兩種。斯約格倫綜合征以內燥為多。《內經》有云：“燥勝則干”。后人劉河間在《素問玄機原病式》中指出：“諸澀枯涸，干燥皴揭，皆屬于燥”。燥邪之致病最有季節性，秋分以后，燥金主事，人經夏月炎蒸，液為汗耗，臟腑枯涸，致使水竭津枯，易于感燥，或歲運正當燥金司天，亦易感邪，此為外燥；人身素體之陰液不足，或久病勞傷、術后、產后，陰精受損加之年高體弱或失治誤治等，均可導致津傷液燥，諸竅失卻濡養，而生內燥，陰虛液虧，精血不足，清竅失于濡潤，病久瘀血阻絡血脈不通，累及皮膚黏膜，肌肉關節，深至臟腑而成斯約格倫綜合征。
（1）先天不足：斯約格倫綜合征多有先天稟賦不足，陰精虧損；或素體陰虛，津液虧少；或久病勞傷均可導致陰津虧虛，清竅失養，而發為本病。女子體陰而用陽，40歲以上女子天癸漸竭，精血虧虛，陰液不足，多因陰虛內熱而傷津耗液，導致口眼清竅失養，經脈氣血痹阻而多發斯約格倫綜合征。
（2）后天因素：或為情志所傷，勞倦過度；或為久病失養，精血內奪；或為年高之人天癸將竭；或為誤治、失治，如誤用汗、吐、下法；或過服辛溫升散之劑；或亡血失精等，皆可導致陰液不足，正氣耗損，而發為斯約格倫綜合征。
（3）六淫外邪：六淫中，風、暑、燥、火四邪稱之為陽邪，陽熱亢盛，則消灼津液；又風寒傷人能化熱，風熱傷人能化燥，熱則耗液，燥則傷津。病初起在經在表。絡脈痹阻則關節肌肉疼痛，津液干涸則口眼干燥。病久入里必損及五臟六腑。
（2）病機
燥從上降，肺金先受，故多肺家見癥，見干咳、胸滿、氣逆或牽引胸臆作痛不能轉側，喘急嘔吐，鼻干唇燥，舌燥少津，咽干咽痛，皮膚皸裂，寒熱身痛等；肺主一身之氣，感邪氣滯則機關不利，肌肉關節盡痛，一身痛極；肺燥不能運布水精，中宮水液難以四布，可外溢為關節腫；燥秉乾金肅殺之氣，金火同宮，萬物枯萎，故古人有“火就燥”之說，氣分燥熱化火，迫血故可見肌膚瘀斑瘀點。
斯約格倫綜合征的基本病機為素體虛弱，陰津虧虛。其病位在口、眼、鼻、咽等清竅可累及全身，與肺、脾、肝、腎密切相關，甚則可累及心、胃，以及皮膚黏膜、肌肉關節；性質屬本虛標實，肺、脾、肝、腎陰虛為主，火熱燥氣為標。
斯約格倫綜合征既可初在口、眼等清竅，繼而累及四肢肌肉關節筋骨，繼則內舍臟腑；也可以首先出現肌肉關節癥狀及臟腑損害，而后出現口眼干燥征象。