圖 6 1ug C.elegans 蛋白胰酶酶解物在反相色譜分離的基峰圖，四級桿飛行時間質譜和 LTQ Velos 線性離子阱全掃描動態范圍的比較
Q-TOF 掃描速率對靈敏度的影響
如圖 7 所示，將 Q-TOF 掃描速率從 3Hz 升至 6Hz ，導致鑒定到肽段數目減少，這主要是因為隨著 Q-TOF 質譜儀的掃描速率提高，一級質譜圖特別是二級質譜圖質量下降。增加的掃描速度減少了離子的傳輸時間，由于較少的離子被檢測到和平均化，因此降低了譜圖的信噪比。如圖 8 所示，將 Q-TOF 掃描速率從 3Hz 升至 8Hz ，損失了 66% 的 Q-TOF 信號，在二級質譜圖可檢測到的特征離子數目減少了。
增加的 MS/MS 采集的掃描速率，降低了二級質譜圖的質量和信噪比，而且 Mascot 鑒定到的肽段的得分也受影響，如圖 9 所示，二級質譜圖掃描幾乎來源于色譜峰的頂點。在高質量 Q-TOF3Hz 譜圖下， Mascot 得分為 49 分，而且 LTQ Velos 雙壓離子阱對于同一樣品，進樣量只有 Q-TOF80% 的時候， Mascot 的得分為 103 分，前者比后者低了 53% ，當 Q-TOF 在 6Hz 運行時，對于 1 μ g 的樣品在 180 分鐘的運行時間內，鑒定到的肽段數目下降了 40% ，這就是為什么盡管儀器的掃描速率可以達到 10Hz ，在做肽段鑒定實驗過程中，廠家不建議其采樣速率超過 3Hz 的原因。
擁有ZL技術的 pAGC ，在阱內可實現離子累積， LTQ Velos
雙壓離子阱不管前體離子的峰強度，對于二級質譜的離子數目進行優化，結果顯示，在 180 分鐘的梯度內，在實際掃描速率為 6.3Hz 運行下的
LTQ Velos 雙壓離子阱比 6Hz 運行下的四級桿飛行時間質譜（ Q-TOF ）多檢測到了 282% 個特異性肽段。
圖 7 1ug C.elegans 蛋白胰酶酶解物在 180 分鐘內用四級桿 - 飛行時間質譜儀（ 3Hz 和 6Hz ）和 LTQVelos 線性離子阱鑒定到特異性肽段數目的比較 
圖 8 在 Q-TOF 儀器上比較不同質譜掃描速率下信號的強度