1.腦脊液
壓力增高，外觀微混或淡黃色，蛋白含量輕～中度升高。細胞數增多，多在 100×106/ L左右，以淋巴細胞為主。氯化物及葡萄糖多降低。腦脊液涂片墨汁染色可直接發現隱球菌，菌體呈圓形，無核，莢膜染色較淡，為雙層反光圈，菌體大小不一，可見顆粒狀物質，出芽菌體呈葫蘆狀或啞鈴狀。
早期腦脊液檢查，不論常規、生化、細胞學均有95%以上異常。主要表現為炎癥性變化，雖然與結核性腦膜炎有相似的變化，但99%可從首次腰穿腦脊液中查出隱球菌，或新型隱球菌反向乳膠凝集試驗呈陽性、強陽性反應。因此，腦脊液檢查是隱腦確診的重要依據。
2.免疫學檢查
乳膠凝集(LA)試驗 可檢測感染早期血清或腦脊液中隱球菌多糖莢膜抗原成分，此方法較墨汁染色具有更高的特異性和敏感性，腦脊液檢測陽性率可高達99%。若抗原陽性滴度>1：8，即可確診為活動期隱球菌腦膜炎，且其滴度與感染程度多呈正比。
3.影像學檢查
顱腦CT缺乏特異性，40%～50%顯示正常，其陽性率與病程的不同階段有關，病程越長，陽性率越高。可見腦室擴大、腦積水、腦膜強化及腦實質內不規則大片狀、斑片狀或粟粒狀低密度影，少數顯示小梗死灶或出血灶。顱腦MRI可顯示腦實質內T1呈低信號、T2高信號的圓形或類圓形腫塊、血管周圍間隙擴大，部分呈多發粟粒狀結節樣改變。