每個細胞中都包含大量蛋白質,每種蛋白質都有特定的功能,例如作為另一個分子的受體或催化化學反應的酶。這種機制的紊亂會嚴重影響細胞,引起疾病,出現癌癥等疾病。對于這些細胞來說,它們的功能已經與健康細胞產量了根本不同。
因此,以蛋白質為靶標的藥物非常普遍,藥物可以抑制或刺激蛋白產生或吸收。但同時,有許多批準的藥物對某些疾病具有經過驗證的作用,但沒有已知的蛋白質靶標。對于這些藥物,它們的作用機理依然還是,或者說部分還是謎團。
為此,近期來自瑞典卡羅林斯卡研究所的科學家對開發一種相對簡單的方法,這種方法能夠確定哪種蛋白質受某種藥物影響。實際上已經有一些方法具有這種功能,但各自都有局限性。最新研究提出的方法能帶來提供更加可靠和精確的結果。
這一成果公布在Nature Communications雜志上, 由生物化學和生物物理學系教授ROMAN ZUBAREV領導完成。
瑞典卡羅林斯卡研究所生物化學和生物物理學系教授Roman Zubarev
研究人員在56種不同藥物治療的肺癌細胞中展開了研究,由此開發出了這一新工具。
對于每種藥物,研究人員首先計算出48小時后殺死一半細胞的劑量,然后將此劑量用于所有藥物。一旦一半的細胞死亡,他們將檢查每個細胞的蛋白質組(即存在哪些蛋白質及其豐度),確定藥物靶向的蛋白質。在進一步的實驗中,他們在乳腺癌和腸道腫瘤的其他細胞上測試了藥物,并得出了關于藥物在靶向癌細胞方面具有特異性或普遍性的結論。
這些實驗的結果在研究人員現在創建的可搜索數據庫中進行了描述(http://protargetminer.genexplain.com),從而其他研究人員能夠使用相同的模型對其他藥物進行類似的實驗,進而用更多的靶蛋白來擴展更多物質的數據庫。
Zubarev教授說:“我們發現細胞被不同的藥物殺死的方式不同。不久前,我們曾經以為細胞只能以三種方式死亡:壞死,凋亡或自噬,但現在我們已經觀察到至少十三種不同的細胞可以死亡的方式。這種方法可以幫助加速某些新藥開發過程,增進我們對現有藥物的了解。”
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