應與TORCH綜合征（風疹、單純皰疹和弓形蟲病等）中的其他疾病相鑒別。此外尚需與梅毒、李斯特菌或其他細菌性和感染性腦病，如敗血癥、傳染性單核細胞增多癥、淋巴結結核等鑒別。主要依靠病原學和免疫學檢查確診。
1.先天性弓形蟲感染
CMV表現及預后與先天性弓形蟲感染相似，主要依賴實驗室檢查鑒別診斷。
2.嬰兒肝炎
CMV感染肝臟病理改變可見肝細胞水腫和類似慢性肝炎樣改變，又可引起重型肝炎改變，包涵體累及肝內膽管上皮細胞，引起膽管炎、膽汁淤積和黃疸。鑒別要點為CMV臨床表現為多系統、多臟器的損害和實驗室證實宿主體內有HCMV的侵入，即可診斷為CMV感染。
3.其他
與其他病因的病理性黃疸和其他感染性腦病、腦膜腦炎鑒別，主要依賴實驗室檢查結果鑒別。