引起嬰幼兒腹瀉有許多原因，大體分為兩類：
非感染性因素造成的
如飲食喂養不當或天氣變化均可引起腹瀉。飲食方面引起的腹瀉包括進食過多或過少；食物成分改變，加糖過多（反之，糖分攝入過少易引起便秘）；添加輔食過快，引起不適，天氣炎熱時給孩子斷奶等。天氣變化如孩子受涼，可使腸到功能紊亂；氣候炎熱可使胃酸和消化酶分泌減少，消化不良引起腹瀉。
感染性因素造成的
如孩子進食的奶具或食物不潔，使細菌進入體內造成腹瀉；長期服用廣譜抗生素，致使腸到菌群失調引起腹瀉；小兒患急性上呼吸道感染、肺炎、中耳炎、泌尿系統感染、咽炎等病時，由于發熱及病原體毒素的影響，均可造成腹瀉。