最常報告的病因包括一些細菌(如大腸桿菌，沙門菌，空腸彎曲菌)和病毒，特別是輪狀病毒(盡管輪狀病毒常在無癥狀的新生兒中被發現)。較少見的病因有一些細菌(如志賀菌，腸炎耶爾森菌，親水性產氣單胞菌)和病毒(如小腸病毒，腺病毒，腸道病毒和冠狀病毒)，其他病原體如諾瓦克樣病毒，星狀病毒，杯狀病毒在新生兒中的作用尚不明確。盡管生后1周新生兒體內常可分離出梭狀芽胞桿菌及其毒素，這種細菌與抗生素應用后的腹瀉(假膜性腸炎)僅有極少的關系(梭狀芽胞桿菌誘導的腹瀉)。寄生蟲是罕見的病因(如蘭氏賈弟鞭毛蟲，溶組織阿米巴)。[1]