新生兒消化道出血的原因與成人有很大的不同。新生兒消化道出血可因消化道本身的病變如反流性食管炎、急性胃腸炎、壞死性腸炎、急性胃粘膜病變、腸梗阻、牛奶或乳糖不耐受癥、機械性損傷、應激性潰瘍、息肉、血管畸形等因素引起；也可因全身系統性的病變，如血液病、新生兒出血癥、缺氧、嚴重感染、硬腫癥、出凝血功能障礙等原因引起；此外尚可因吞入母血、鼻咽部或氣管出血被吞咽至消化道所致。常見誘發因素有窒息缺氧、感染、喂養不當等。
