病因雖多但主要病理改變為非特異性的多核巨細胞形成。膽汁淤積、肝間質和門脈區有炎癥細胞浸潤程度與病情輕重有關,輕者肝小葉結構正常,重者可紊亂失常肝細胞點狀或片狀壞死,柯氏細胞和小膽管增生,久病者門脈周圍可有纖維化巨細胞包涵體病的受累細胞呈現貓頭鷹眼狀的核內包涵體為其特征。