本病與新生兒先天性膽管閉鎖有時很難鑒別。但若把新生兒肝炎誤認為膽管閉鎖而作手術，可使病情惡化。兩個病的鑒別診斷可以通過：
一、病史及體征
1 肝炎男嬰較女嬰多，而膽道閉鎖女嬰較男嬰為多。
2 黃疸在肝炎時一般較輕，并有波動性改變，或藥物治療有明顯減輕的情況；而膽道閉鎖黃疽呈持續性加重白陶土色糞便。
3 肝炎時肝腫大較膽道閉鎖為輕，一般很少超過右季肋下4cm；膽道閉鎖肝腫大明顯，質硬邊鈍常伴有脾腫大。
二、實驗室檢查
a.血清膽紅素動態檢測：肝炎隨治療病情發展血清膽紅素濃度曲線逐漸下降而膽道閉鎖隨病情發展血清膽紅素濃度曲線則呈持續性升高。但當重型淤膽性肝炎時亦可表現血清膽紅素濃度曲線 持續上升，此時鑒別有困難
b.低密度血漿脂蛋白-X(Lp-X)測定：在膽道閉鎖時膽汁在肝內淤滯，血清Lp-X則明顯升高；新生兒肝炎早期呈陰性。倘若生后1.5個月以上Lp-X仍呈陰性可排除膽道閉鎖的可能。
c.膽酸定量測定：膽道閉鎖早期較新生兒肝炎血清中膽酸明顯增高動態檢測更有鑒別診斷意義。
d.檢測十二指腸引流液中的膽紅素量
三、影像學檢查及其他
a.B超：首選的無創傷檢查并可重復動態檢測觀察。在新生兒肝炎時其肝內外膽管呈正常管腔大小開放圖像。在膽道閉鎖時肝外膽道不能探出或呈線形條索狀膽囊不顯影或呈痕跡癟小膽囊影像，肝常常增大并伴有脾腫大。
b.99mTC-IDA：閃爍法排泄試驗在膽道閉鎖早期，肝細胞功能尚接近正常，注射放射性藥物后連續動態觀察5分鐘后可見肝臟顯影，但以后見不到膽管顯影，24小時內皆無排人腸管的影像而新生兒肝炎雖然肝細胞功能較差，但膽管開放，因而可見腸管內顯示放射性藥物
c. MRCP(磁共振膽管系統水成像)：其分辨率很高對肝內膽管及其B比鄰關系的成像有助于膽道閉鎖與新生兒肝炎的鑒別。
d.腹腔鏡檢查：腹腔鏡可觀察肝臟大小形態、顏色。若膽囊呈痕跡外觀或呈蒼白癟小多確診為膽道閉鎖。
e.肝穿刺病理組織學檢查：對膽道閉鎖的早期鑒別診斷有一定意義新生兒肝炎時, 以肝實質細胞病變為主，肝小葉結構排列不整，肝細胞壞死巨細胞性變和門脈炎癥；膽道閉鎖則表現膽小管明顯增生和膽汁栓塞，以門脈區域纖維化為主。