嬰兒膽汁淤積癥病因很多，主要可分為肝細胞損害、肝內膽管及肝外膽管疾病三大類僅就其中一些主要病因分述于下：
1.病毒性肝炎至今尚無甲肝病毒（HAV）經胎盤引起嬰兒宮內感染的報道。中國是肝炎高發地區孕母多數具有甲肝IgG抗體使嬰兒獲得被動免疫因此3個月以下嬰兒發生甲肝的機會甚小。乙型肝炎（HBV）及HBsAg攜帶者可通過產時、宮內及產后發生母嬰傳播，以產時感染為主要途徑，母嬰感染率為20%～50%母HBeAg陽性者，感染率更高，但被感染嬰兒多在生后3個月起，HBsAg陸續開始陽轉，其中少數伴ALT輕度增高HBV宮內感染率一般報告為2.5%～7.7%，但98年通過臍血淋巴細胞及（或）血清HBV DNA測定，證實宮內感染率可高達22%。HBV宮內感染，除極個別曾報告引起暴發肝炎外，一般均表現為HBsAg持續或一過性陽性，罕見引起膽汁淤積癥狀。HBV產后感染，發病多在3個月以后因此3個月以內發病的膽汁淤積，由HBV引起者，實際并不多見，尤其母HBsAg等陰性者。1997年已證實丙肝病毒可通過母嬰傳播嬰兒多在生后3～12周發病。
2.巨細胞包涵體病毒（CMV）在中國CMV是引起膽汁淤積最主要病原一般報告約占25%左右。1996年采用聚合酶聯反應（PCR）技術，檢測嬰兒肝炎病兒尿中CMV DNA，結果陽性率高達67%～78.3%，而健康兒童對照僅為14.7%～36.8%（P<0.01）。
中國孕母CMV IgG抗體陽性率達94.6%但嬰兒中膽汁淤積發生率遠沒這么高，這是因為母CMV IgG抗體可通過胎盤，使嬰兒獲一定保護，嬰兒產時，宮內感染CMV后，90%以上并無癥狀，有癥狀者部分有膽汁淤積癥狀，且預后良好。CMV產后感染多引起呼吸道癥狀，罕見引起膽汁淤積。
診斷確立需根據從病兒尿或分泌物中檢測到CMV（包括CMV抗原或DNA），或血清CMV IgM陽性。CMV IgG抗體陽性不能診斷為CMV感染，因其可來自母體，除非雙份血清滴度4倍增高或2個月時滴度高于母親。
3.弓形蟲病（toxoplasmosis）中國人群感染率地區差別較大，報告由1.4%～38.6%一般<8%，農村顯著高于城市。先天弓形蟲感染可引起流產、早產及死產；存活病例可為隱性感染，也可出現癥狀，后者主要表現為中樞神經系及眼的病變，部分病兒可引起膽汁淤積有人對75例膽汁淤積進行血清弓形蟲抗體檢測，陽性率為9.3%，而正常對照組為2.5%說明弓形蟲是嬰兒肝炎病原之一。由于本病藥物治療有效，因此及時診斷十分重要。先天感染診斷可根據血清弓形蟲IgM抗體陽性（如間接熒光抗體試驗）或體液中檢測到弓形蟲（包括其抗原或DNA陽性）。本病對磺胺、乙胺嘧啶、螺旋霉素及克林霉素均有效。
4.靜脈高營養新生兒采用靜脈營養2周以上，20%～35%小兒可發生膽汁淤積，早產兒可達30%～50%。已證實主要與氨基酸有關。停用靜脈營養1～4個月肝功能及肝病理變化一般均可恢復。
5.α1-抗胰蛋白酶（α1-AT）缺乏α1-AT是一種糖蛋白，由肝臟合成，具有較強蛋白酶抑制作用缺乏時引起肝損害的確切機制尚不詳。本病屬常染色體共顯性遺傳，根據基因凝膠電泳，人群中至少有24種蛋白抑制物（Pi）等位基因正常人為PiMM，由α1-AT缺乏所致膽汁淤積病兒均為PiZZ型。西方人中PiZZ約占1/1600～2000活產兒其中僅11%～20%發生膽汁淤積，7%僅有肝功能異常，余均無癥狀歐美文獻中，膽汁淤積由α1AT缺乏引起者占5%～18%，日本有少數病例人群調查中國99%以上人為PiMM型，尚未發現有PiZZ基因。
6.Zellweger綜合征又稱腦-肝-腎綜合征。其特點是智能低下、特殊面容（前額突出、前囟大、眼距遠有內眥贅皮）、嚴重肌張力低下、多發性骨骼畸形，如軟骨鈣化，股骨骺脫離腎臟皮層囊腫多無癥狀。本病系膽酸代謝異常所致。病兒多在6個月以內死亡。
7.肝內膽管發育不良本癥可分兩型：
（1）Alagille-Watson綜合征：又名動脈肝臟發育不良（arterio-hepatic dysplasia）。此型預后良好很少發展為肝硬化。
（2）無癥狀型：無上述表現，臨床難與膽道閉鎖及特發嬰兒肝炎區分。預后差，進行性發展為肝硬化。診斷主要依靠肝活檢。
8.膽汁黏稠綜合征（inspissated bile syndrome）一般都發生在新生兒嚴重溶血癥后。正常人的結合膽紅素80%～90%為二葡萄糖醛酸膽紅素。新生兒肝臟葡萄糖醛酸轉移酶活性低，當溶血產生大量游離膽紅素時結合膽紅素多數以一葡萄糖醛酸膽紅素被排至膽道，該結合膽紅素溶解度低，容易形成沉淀而阻塞膽管。
9.其他罕見的肝內膽管疾病Byler病僅發生在Amish家族成員，后期多發展為肝硬化Caroli病，又名肝內膽管囊性擴張。其特點是：肝內膽管呈節段性擴張，易并發結石、炎癥及肝膿腫，無肝硬化表現，腎小管亦有擴張。本病可借X線膽管造影B超CT等診斷。病變范圍較局限者可外科治療。
良性復發性膽汁淤積嬰兒期開始反復發作膽汁淤積，每次發作持續3～4個月，緩解期肝功能及肝活檢均恢復正常，血膽酸可仍增高。多次發作不引起慢性肝病，預后良好。遺傳性膽汁淤積伴淋巴水腫，又名Aagenes綜合征，僅見于挪威人后代，有報告后期可發展為肝硬化。
10.先天性膽道閉鎖發生率約為1/（8000～20000）活產兒，黃種人更多見。女多于男約為2∶1。認為本病并非先天畸形，而是局部炎癥病變的結果。理由歸納如下：
（1）缺乏家族史：流產兒，早產兒幾乎見不到本病。
（2）本病肝臟病理與嬰兒肝炎有相似處：如均有肝細胞巨形變及炎癥浸潤。不少病兒膽道閉鎖手術引流成功，但肝內病變仍可繼續發展為肝硬化。
（3）本病具有CMV、風疹或腸道等病毒感染者較對照組明顯高。
（4）曾報告個別病例新生兒期開腹手術時膽管暢通，但幾周或幾個月后尸檢或第2次開腹探查，發現為典型的膽道閉鎖。
1974年Landing提出，嬰兒特發肝炎、先天膽道閉鎖、膽總管囊腫及肝內膽管發育不良可能是同一種病因所致的不同表現，建議統稱為嬰兒阻塞性膽管病（infantile obstructive chole pathy）。
11.其他肝外膽管疾病膽總管囊腫大小各異，5～300ml。可引起膽總管完全梗阻，臨床表現似膽道閉鎖。長時采用靜脈高營養嬰兒，及新生兒溶血癥患兒，膽石癥發生率增加。超聲檢查有助于診斷。膽汁淤積伴進行性腹脹，臍及腹股溝皮膚黃染，應想到膽總管自發穿孔。腹水含膽汁支持診斷。