早發型的鑒別診斷包括：肺透明膜病、羊水吸入綜合征、持續胎兒循環、敗血癥(經產道的大腸埃希桿菌、單純皰疹感染)、代謝性疾病(低血糖、高氨血癥)、解剖異常(先心病、膈疝)或其他原因所致的青紫和敗血癥樣表現。
有些情況GBS感染難與肺透明膜病鑒別，如Apgar評分低、生后第1天有休克和呼吸暫停、早破水、心大、胸膜滲出、病情惡化快等。足月兒GBS感染如同時有低氧、低血壓、粒細胞減少、呼吸暫停等，則可發生持續胎兒循環。
