新生隱球菌的檢測方法有墨汁負染法，如腦脊液標本檢查。乳膠凝集試驗用于檢測新生隱球菌的莢膜多糖抗原，可以檢測腦脊液、血液及其他體液標本。該試驗具有很高的特異性和敏感性，是少數可以*免疫學方法診斷的真菌性疾病。該試驗還可以檢測滴度，對療效監測和估計預后有一定的指導意義。咖啡酸試驗:新型隱球菌可產生深棕色色素。
尿酶試驗:新生隱球菌能夠產生尿素酶，常用Christensenurea agar 培養,新生隱球菌產生的尿素酶分解尿素，使培養基變為紅色。
