甲基胞嘧啶（mC）：源于C，是表觀遺傳機制的主要原因。作為一種重要的表觀遺傳修飾，mC參與基因表達調控、X-染色體失活、基因組印記、轉座子的長期沉默和癌癥的發生。
甲基腺嘌呤（mA），其主要作用是確定表觀基因組的性質，并因此在細胞的生命過程中發揮重要作用。藻類、蠕蟲以及蒼蠅都擁有mA。mA的主要功能是調控某些基因的表達，因此，構成了一種新的表觀遺傳標記。
新發現的堿基還有：5-胞嘧啶甲基、5-羥甲基胞嘧啶（5-hmC）、5-胞嘧啶甲酰（5-formylcytosine）和5-胞嘧啶羧基（5-carboxylcytosine）
截至2020年已發現的堿基種類共有21種。