鑒于常染色體非整倍體無創產前篩查的準確性和安全性，NIPT在21、18及13三體綜合征篩查領域中的應用日漸廣泛，目前已有服務商將檢測范圍擴展至性染色體異常和染色體微小缺失的篩查。然而，在NIPT雄心勃勃之時，《美國人類遺傳學雜志》、《PNAS》等雜志發文潑冷水，為篩查范圍擴大后NIPT的臨床化敲警鐘，呼吁更多的科學證據以及權衡篩查利弊的評估系統。
AJHG：亞染色體（sub-chromosomal）異常無創產前檢測的臨床有效性有限
日前，發表于《美國人類遺傳學雜志》上的研究揭示了NIPT亞染色體異常篩查的局限性。該研究由倫敦大學 Lyn Chitty及其同事所引領。研究人員指出，增加測序深度可以改善檢測結果，但伴隨而來的是假陽性率的增加。研究人員在論文中寫道，“對于效用性，NIPT必須能夠以低假陽性率在整個基因組中檢測到染色體重組，因為標準的NIPT只能檢測到大部分的大型染色體重組并且需要明確胎兒基因所占的比重。因此我們認為微小染色體重組的NIPT篩查還不足以進入臨床。”
在這項研究中，研究人員利用12-plex sequencing來檢測20個孕婦血漿游離DNA中的染色體重排，這些樣本均來自英國RAPND項目（Rapid Accurate Prenatal Noninvasive Diagnosis ），包含了已知的不平衡染色體重組。
研究人員發現，對于拷貝數變異大于6（單位：megabase）樣本，檢測敏感性達83%。然而當拷貝數變異小于6（單位：megabase）時，研究人員只能檢測到5個樣本的異常，其中三個樣本中母親為拷貝變異攜帶者，對于小拷貝數變異的其他10個樣本，只有兩個被識別，靈敏度僅為20%。
同時研究人員還檢測了染色體異常未知的534個樣本，特異性為99.6%。為了確定因測序深度不夠而遺漏的胎兒基因拷貝變異，研究人員加大了測序深度（擴大至1.2億個reads），結果發現加大測序深度后，拷貝數變異數大于6（單位：megabase）的樣本檢測靈敏度達94%，而拷貝數變異數大于1.5（單位：megabase）的樣本檢測靈敏度為93%。然而加大測序深度仍未能揭示之前已確定的拷貝數變異。研究人員指出，導至這種差異的原因可能是胎兒所占的比重。
為此，研究人員試圖在不同胎兒比重的樣本中檢測不同的拷貝數變異，然而由于實驗室方法的局限性，他們發現當胎兒比重在5%以下時，加大測序深度也無法提高檢測的靈敏度。同時研究人員發現，當胎兒比重大于20%時，可通過加深測序至3800萬個reads檢測出變異數拷貝為1（單位：megabase）的異常。但研究人員指出，加大測序深度的代價是高假陽性率。
最后研究人員寫道，“NIPT篩查非整倍體的優勢在于可提高安全性繼而減少侵入性的檢測，然而擴大NIPT篩查范圍（包括亞染色體重排的篩查）反而反轉了這些優勢，且并不能提供全面的致病性重組的檢測。”
PNAS：NIPT亞染色體遺傳篩查依賴于胎兒基因的比例和測序深度，但假陽性率高
11月份PNAS雜志也有類似的報道，在PNAS的研究中，研究人員使用基于半導體測序平臺的NIPT檢測高風險孕婦的亞染色體缺失/增添。此研究首次表明增加異常DNA的濃度與加大測序深度可改善測序結果。隨后，研究人員分析了1456名孕婦的血漿以建立基于DNA片段大小的檢測胎兒DNA濃度的方法。盡管NIPT可檢測到亞染色體的缺失與增加，但相比傳統的非整倍體檢測，這需要進一步的胎兒DNA覆蓋率的檢測，且結果出現假陽性的概率比較大。
EJHG：NIPT篩查范圍擴大，有效驗證缺乏
《歐洲人類遺傳學雜志》10月份發文表示，在一些特定的國家一些商業公司已將篩查報告范圍擴展至性染色體，然而這需要對其利弊進行仔細評估，包括篩查精度、咨詢挑戰、女性的偏好、未來孩子的利益及胎兒性別信息的濫用。然而，數據顯示NIPT對性染色體非整倍體篩查的準確率低于21三體與18三體。目前還沒有關于性染色體NIPT篩查的咨詢與后續心理受影響的研究，女性對這種篩查的偏好程度也知之甚少，且性染色非整倍體NIPT篩查不可避免地將胎兒的性別披露出來，這可能會造成墮胎率增加。
同時，這篇論文還對NIPT擴展至染色體微缺失領域進行了評估。已有一些商家將NIPT測試范圍擴大至染色體微缺失的篩查，例如篩查DiGeorge、Prader Willi/Angelman、Cri-du-chat（貓叫綜合征）、Wolf–Hirschhorn。然而，這引起了一些擔憂，因為NIPT篩查范圍的擴張是基于其原理而不是有效性研究的驗證，且染色體微小缺失綜合征的陽性預測值非常低，篩查條件與后續的測試可能會增加咨詢的挑戰以及加重孕婦及伴侶的決策負擔。盡管如此，這也不能阻止未來幾年將染色體微小缺失的NIPT篩查考慮到公共衛生項目中，不過這需要更多的科學證據以及權衡篩查利弊的評估系統。