腎小球源性：IgA腎病、薄基底膜腎病（良性家族性血尿）、遺傳性腎炎（Alport’s綜合征）、其他原因所致的局灶性腎小球腎炎
非腎小球源性：
上尿路：結石、腎盂腎炎、多囊腎、髓質海綿腎、高鈣尿和/或高尿酸尿（無結石）、腎損傷
乳頭壞死、輸尿管狹窄和腎積水、腎梗死或動靜脈畸形、左腎靜脈壓迫（胡桃夾現象）、腎結核、腎細胞癌、腎盂/輸尿管移行細胞癌
下尿路：膀胱炎、前列腺炎或尿道炎、良性膀胱/輸尿管息肉或腫瘤、膀胱癌、前列腺癌、尿道狹窄
不確定病因：運動性血尿、良性血尿（尚不能解釋的顯微鏡下血尿）、假性血尿（通常伴有肉眼血尿）、過度抗凝（華法林等）
目前，IgA腎病和薄基底膜腎病被公認為腎小球源性血尿的最常見原因。在無癥狀血尿病人的評估中，腎活檢并非必要的常規檢查方法，但隨訪中如果出現持續性蛋白尿和/或合并高血壓或腎小球濾過率下降，則應及時進行腎活檢，因為某些進展性腎小球疾病早期，臨床上可以僅僅表現為無癥狀血尿。
在非腎小球源性血尿中，腎臟和上尿路的病變包括腫瘤、結石、囊性病（包括多囊腎和髓質海綿腎）、乳頭壞死、代謝缺陷如高鈣尿、高尿酸尿等；下尿路的病變包括膀胱，尿道和前列腺疾病。有文獻報道，非腎小球源性鏡下血尿中泌尿系統腫瘤發生率約占5%。其發病率隨年齡的增加及暴露危險因素的增多而增高。因此，對于這部分病人應重視篩查和隨診。
一般選用尿相差顯微鏡檢查來判斷血尿的來源。異常大小和形態的尿紅細胞>70%，提示腎小球源性血尿，其敏感性為75%－90%，特異性為 98%－100%。尿的紅細胞形態檢查需要留取新鮮尿液，并且復查 3次其結果才較為可靠。
腎活檢必要時腎活檢
（1）腎小球源性血尿
對明確的腎小球源性血尿應進行腎小球疾病的病因、程度和預后的綜合評估，特別是合并蛋白尿或紅細胞管型或腎功異常的患者。針對這些疾病，如不能明確診斷，建議行腎活檢以指導治療，判斷預后。
若為孤立性腎小球源性血尿，則建議每 3個月進行尿常規和腎功能的隨訪，以觀察血尿情況，是否合并蛋白尿，是否有腎功能下降的趨勢和情況。對于這些患者一般不需要進行腎活檢，但如果出現持續性蛋白尿或腎功能減退，則需要根據病人的個體化情況，進行腎活檢以明確診斷。
（2）非腎小球源性血尿
對明確為非腎小球源性血尿，需進行病因的進一步篩查。靜脈尿路造影、超聲、和電子計算機 X射線斷層掃描技術（computed tomography , CT）等影像學手段和尿液細胞學、膀胱鏡等是常用的輔助檢查方法。
對于泌尿系影像學、細胞學檢查和膀胱鏡檢查有陽性發現者，建議泌尿外科手術治療。其中膀胱腫瘤的危險因素有：年齡>40歲、吸煙史、肉眼血尿史、工作中接觸某些化學物質（苯，芳香族化合物）、規律治療后反復發作的尿路刺激癥狀、既往應用大劑量環磷酰胺、服用含有馬兜鈴酸的中藥。對于無癥狀血尿伴有上述危險因素的患者，建議進行積極隨訪。