日本國家科技創新政策的特點是“以科研體制改革為主線”，這和我國經常提到的科技管理體制改革如出一轍，也許能給我們提供某種借鑒。
1995年，日本政府頒布實施了新的《科技基本法》，開始連續的五年為周期的“科技基本計劃”。2001年日本開始國立研究機構改革，涉及科研經費管理的主要措施包括：
國立研究機構的法律地位變為獨立行政法人，提高各機構在人員和財務管理方面的靈活性。改變政府科技主管部門按年度來詳細規定研究機構工作計劃和預算的做法。
從經費管理的角度，日本的做法說穿了就是減少對科研人員的束縛，在加強科研機構考核的同時，只要能夠較好地做好科技研發工作，經費使用、經費預算、日常的科研工作細節國家都可以不管，對日本而言，科研經費同樣是納稅人的錢，為什么可以這樣做?
反觀我國的做法，通過績效工資改革縮小了科研人員不同貢獻之間的差距，科研經費預算管理僵化、科研單位科技經費管理沒有靈活性，再加上科研經費分配體制自身的一些問題，這才是制約我國科技創新的重要障礙。
在這種情況下，是否應該做些頂層思考?科技創新重在成果，對于成果卓著的是否應該適當增加科研經費使用的靈活性和科研經費投入的力度?科研工作環節很多，加強管理是否應該面面俱到?建設和諧社會背景下科研人員收入差距多大合適?少數頂尖科技人員的高收入能說明收入分配制度合理嗎?我國如何在科技投入與科研經費管理中走出一條新路?
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