實驗概要
酶譜法的基本過程是先將樣品進行SDS-聚丙烯酰胺（SDS-PAGE，含0.1％明膠）電泳分離，然后在有二價金屬離子存在的緩沖系統中使樣品中的MMP-2和MMP-9恢復活性，在各自的遷移位置水解凝膠里的明膠，最后用考馬斯亮藍將凝膠染色，再脫色，在藍色背景下可出現白色條帶，條帶的強弱與MMP-2和MMP-9活性成正比。
復性原理：在電泳過程中，SDS與樣品中的MMPs結合（當然是可逆性結合），破壞其氫鍵、疏水鍵而使MMPs不能發揮其分解明膠的作用，而只有當將膠置Trition中洗脫（最好是放在搖床上搖，30min／次，做2次或15min/次，4次。靜置于Trition中是不妥的。）時，由于SDS被Trition結合而去除，從而使MMPs恢復了活性。
主要試劑
分離膠
濃縮膠
5×Tris –甘氨酸電極緩沖液
4 ×上樣緩沖液
洗脫液
漂洗液
孵育液
染色液
脫色液A、B、C
實驗步驟
1. 取對數期的癌細胞在的無血清培養基DMEM中培養24h。
2. 次日收集上清液，將上清液移入離心管中 2000rpm 離心10min，-70℃儲存備用。
3. 根據細胞計數調整各組細胞培養上清液中的蛋白濃度（或者測定蛋白濃度調整使所上蛋白總量一致）。與5×上樣緩沖液混合，13ul樣本 4ul上樣緩沖液。（不要用槍用力吹打，防止出現過多氣泡）
4. 配制分離膠和濃縮膠，16ul/孔上樣（根據表達強度和蛋白濃度確定上樣量），4℃進行SDS-PAGE 電泳100v約1.5小時（電泳時在周圍敷上冰，有利于使條帶跑直）。
5. 電泳結束后，將凝膠置于洗脫液(2.5% Triton X-100，50mmol/L Tris -HCl ，5mmol/L CaCl2，pH7. 6) 中振蕩洗脫2次,每次40分鐘，然后用漂洗液(除不含Triton X - 100 外其余同洗脫液) 漂洗2次，每次20分鐘，接著，將凝膠置于孵育液( 50mmol/L Tris - HCl , 5mmol/ CaCl2 , 0. 02% Brij-35 ,pH7.6) 中37℃ 孵育42h。
6. 孵育結束后經染色液(0.05% Coomassic 亮藍、30%甲醇、10%乙酸) 染色3h,及脫色液A、B、C(甲醇濃度分別為30%、20%、10 % ,乙酸濃度分別為10 %、10 %、5%) 分別脫色0.5、1、2h后，顯示出MMP-2（72KD） 和MMP -9（92 KD）為位于藍色背景上的透亮帶，用凝膠圖像分析系統分析讀取條帶面積，寬度和灰度值，做統計分析。
注意事項
1. 制備聚丙烯酰胺時應注意排除氣泡 。
2. 明膠酶譜的活性受鈣離子，鋅離子，和PH值等因素的影響，因此緩沖液 配制應嚴格準確，盡量用超純水，孵育溫度也掌握好。
3. 用大梳子。
4. 孵育液的PH最好在7.5-7.6，復性的TRITON時間長了會有絮狀物，所以實驗時盡量使用新鮮配置的。
5. 孵育的37度不要在CO2培養箱中，因為會改變孵育液的PH值，在普通孵箱即可。
6. 明膠要4度保存，配好后1周內使用。