1.鑒別黃疸的性質和原因
臨床上黃疸往往難以確定病因，可做肝活檢。它可以確定黃疸是膽紅素代謝障礙，或是肝細胞性黃疸，還是膽汁淤積所致，是病毒性還是藥物引起。不同的病因，預后和治療是完全不同的，只有診斷清楚，才能制定正確的診療方案。
2.作為慢性肝炎病情、預后的評判指標
肝穿刺可發現肝組織的病變情況，為病情變化、預后的判斷提供客觀依據。重型肝炎如以肝細胞水腫為主，則病情較輕，預后較好，病死率較低；如以肝細胞壞死為主，且正常肝細胞殘存率較低，則病情嚴重，預后較差，病死率高。
3.可以進行診斷性治療
在B超或CT引導下，有目的性地肝穿刺，可開展肝膿腫穿刺排膿、注射藥物，無水酒精瘤內注射治療肝癌等。在進行穿刺取材、診斷的同時，還可以開展診斷性治療，做到診斷治療兩不誤。
肝穿刺后出血的發生率在十萬分之一左右，由于肝活檢技術已經很成熟，只要掌握好適應癥、禁忌癥，在肝穿刺前做好充分的準備，肝穿刺活檢的操作可做到萬無一失。