有機化學中普遍存在同分異構現象，因此為了合成具有某一特定結構的目標分子，需要引入區域選擇性、非對映異構選擇性和對映異構選擇性的概念。用伍德沃德-霍夫曼規則可以判斷周環反應能否發生，而馬氏規則和查伊采夫規則則分別可作為親電加成反應和消除反應的參考規則。
反應是藥物合成的基礎
有機反應是藥物合成的基礎。根據2006年的一份回顧，有機反應中，大約有20%涉及氮和氧原子上的烷基化反應，20%涉及保護基的引入和脫去，11%涉及新碳-碳鍵的生成，10%涉及官能團的互相轉化。
