末端回腸炎的發病機制可能涉及多種因素，主要包括遺傳因素、免疫系統異常、環境因素以及生活習慣等。
首先，遺傳因素在末端回腸炎的發病中起著重要作用。有研究顯示，血緣家庭發病率較高，表明存在遺傳傾向。
其次，免疫系統異常也是誘發末端回腸炎的重要因素之一。自身免疫性疾病患者，如患有潰瘍性結腸炎的人，患末端回腸炎的風險增加。
此外，環境因素如感染、飲食不當、口服避孕藥等都可能增加患病風險。例如，某些腸道感染可能觸發或加重病情。
生活習慣同樣對末端回腸炎的發展有影響。不良的飲食習慣、缺乏運動、吸煙和酗酒等都可能增加患病風險。