由于在重組病毒中多角體基因被外源基因所取代，因此形成的子代病毒不含有包含體，為包含體陰性病毒。包含體陰性病毒與包含體陽性病毒(由野生型病毒形成)在平板中形成的空斑形態是不同的。因此，可在光學顯微鏡下，利用這一特征篩選出含外源基因的重組病毒并加以純化[12]。這正是目前使用最普遍的有效方法。
1、標志基因篩選
Vialard等[13]構建了一種含β-半乳糖苷酶標記的pJVNheI轉染質粒，該質粒是在多角體基因啟動子上游插入一個p10基因啟動子，由它來驅使lacZ基因表達，當這種重組轉染質粒與病毒DNA共轉染昆蟲細胞后得到的重組病毒即可在含X-gal的細胞培養物中形成藍色噬斑，使篩選工作更加容易。因此得到提示，如果先構建出含lacZ的重組病毒，在此基礎上再構建出含外源基因的重組病毒，將使篩選變得很容易。
2、其它方法
如有限稀釋法[3]、DNA斑點雜交[3]也可用于篩選重組病毒，缺點在于不能精確地篩選出來源于單一重組病毒的毒株。
2003年英國University of Reading的Ian M. Jones首次通過在Bacmid上部分敲除Orf1629，構建了免空斑篩選的Bacmid。免除空斑篩選后，構建重組桿狀病毒的時間由以前的大約三周迅速降低到一周。目前采用這種策略的有OET的FlashBAC和Bacmid Ltd.的qBac.