人體感染杜氏利什曼原蟲后，潛伏期可短于10天或長于1年，但通常為2～4個月，可出現全身性癥狀和體征。內臟利什曼病一般開始緩慢，具有低熱和精神不適。以后出現進行性消瘦和貧血，白細胞及血小板減少，血清丙種球蛋白明顯增高，白/球蛋白比率倒置，蛋白尿和血尿。
由于血小板減少，患者常發生鼻出血、牙齦出血等癥狀。體檢可見肝、脾、淋巴結腫大，腹部因肝、脾腫大而膨出，晚期患者面部兩頰有時出現色素沉著。由于全血細胞減少，免疫受損，易并發各種感染性疾病，如肺炎等，常可導致患兒死亡。急性粒細胞缺乏癥是內臟利什曼病的另一嚴重并發癥，患者如不及時治療，病情不斷惡化，多數在患病后1-2年內并發其他疾病而死亡。
有些病例可急性發作，常有寒戰、發熱，嘔吐，可在短期（6～12個月）內死亡，伴隨癥狀有水腫、黏膜出血、呼吸困難、腹瀉。輕型病例可存活多年，也有自愈病例報道。
人體對杜氏利什曼原蟲無先天免疫力，內臟利什曼病多見于嬰兒及兒童。患者經特效藥物治療后，痊愈率較高，一般不會再次感染，可獲得終身免疫。