楊力受邀發表MolecularCell綜述解析可變剪接

中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組受邀在《分子細胞》（Molecular Cell）發表了題為RNA structure switches RBP binding 的專評文章，對該刊同期發表的一項題為RNA sequence context effects measured in vitro predict in vivo protein binding and regulation 的研究進行了點評和推薦。

楊力研究員早年畢業于蘭州大學，楊力一直從事轉錄組水平的RNA復雜性及其調控研究，在RNA可變剪接、RNA反向剪接產生環形RNA、RNA編輯修飾和長非編碼RNA等領域發表了一系列原創性科研成果，多次受邀為Cell、Molecular Cell、WIREs RNA等期刊發表研究專評和撰寫綜述。

高等真核生物中的可變剪接可以從一個前體mRNA分子產生多個成熟的mRNA分子，極大地拓展了基因功能的多樣性。已有的研究表明，可變剪接受到具有特殊堿基短序列的順式調控元件（RNA motif）和識別這些motif的RNA結合蛋白（RNA binding protein, RBP）調控。因此，發現和鑒定具有特殊序列的RNA motif及其相應RBP可以預測受調控的可變剪接。

但是，一些最新的生化結合高通量測序分析研究表明，體內大概只有很少的一部分RNA motif（約15-40%）能夠與其相應的RBP結合。這提示，除了motif自身的特殊堿基序列以外，還有一些其它的序列／結構特征能夠影響RNA motif與相應RBP的結合。在最新一期Molecular Cell上，來自于美國MIT的Christopher B. Burge教授實驗室利用多種生化技術，結合計算和進化生物學方法對這一問題進行了系統分析，系統揭示了除了具有特殊堿基序列的RNA motif以外，區域性的RNA二級結構對RBP與RNA motif的結合具有決定性的作用

這從一方面來講，當RNA motif序列位于RNA二級結構的單鏈開放區間時，其與RBP的結合能力較強，可以顯著地調控可變剪接的發生；而從另一方面來講，當RNA motif序列位于RNA二級結構的雙鏈閉合區間時，其與RBP的結合被抑制，因此不能夠調控可變剪接的發生。這一最新的研究成果提示區域性RNA二級結構可以作為調控RBP結合RNA motif的重要開關，為進一步建立更精確的RNA可變剪接預測模型提供了全新的研究基礎。

作者簡介：

楊力
百人計劃/研究員
簡歷：

1994.09-1998.06 蘭州大學生物化學學士

1998.09-2004.03 上海生科院生化細胞所生物化學與分子生物學博士

2004.03-2004.07 上海生科院生化細胞所研究助理

2004.07-2006.12 美國耶魯大學博士后

2007.01-2010.09 美國康涅狄格大學健康中心博士后

2010.10-2011.07 上海生科院科研處長

2011.07- 上海生科院計算生物所研究員課題組長

研究方向：

從1990年開始到2001年第一個人類全基因組測序結果發表，人類基因組計劃僅耗材花費就高達30億美元。利用新一代高通量測序技術，基因組測序的時間和耗費被極大地降低了，這使得高通量測序技術被廣泛的應用于生命科學研究的各個領域中，極大的促進了現代生命科學的發展。我們利用高通量測序技術和相應的計算生物學分析方法，對真核生物RNA的表達調控在全轉錄組水平進行系統檢測，主要圍繞模式生物果蠅和人源胚胎干細胞及其定向分化的RNA選擇性剪接和非編碼RNA功能作用進行研究 ，并系統解析RNA的復雜調控網絡。我們將利用實驗（包括新一代高通量測序，分子和細胞生物學等）和計算（包括統計，生物信息等）生物學的方法進行系統研究，以期拓展我們在全轉錄組水平對RNA重要生理功能及其調控作用的全面認識。