楊芃原：Explorationofhumanchromosomesbybiomassspectrometry

復旦大學化學系 楊芃原教授

　　2014年4月26日，首屆全國質譜分析學術研討會在北京西郊賓館盛大開幕。來自復旦大學的楊芃原教授帶來了題為《Exploration of human chromosomes by biomass spectrometry based proteomics with trans-omics》的報告。

　　楊教授首先給我們報告了1985年至2012年HPP歷程，HPP鑒定的蛋白質已覆蓋基因編碼蛋白的50%；HPP已處于拐點，即將開始飛躍式發展；技術上已經突破。這些都說明下一代蛋白質組質譜技術已經成熟。隨后楊教授介紹了離子阱相關技術，在13年推出的高性能質譜，它是Q離子阱，C離子阱和軌道離子阱三個技術的串聯。在2006年，創新C-離子阱，R=6萬；在2009年，改變軌道離子阱結構，R=14萬；在2013年，軌道離子阱復數傅立葉變換技術，R=50萬。

　　楊教授講到色譜-質譜聯用技術可以產生染色體蛋白質組的大數據時，中國以色譜-質譜為核心技術的蛋白質組學已經到了能夠和基因組學一樣產生可靠大數據的時代。

　　蛋白質組質譜大數據還揭示了蛋白組學的中心法則。楊教授給我們分析了蛋白質跨組學的定性信息；每種細胞表達RNA和蛋白的功能情況；組學的中心法則翻譯和轉錄動態范圍的比較。對于缺失基因的蛋白質，怎樣找到缺失蛋白，可以從數據庫中找線索。在胚胎、大腦、睪丸、小腦、和唾液腺等組織器官中由于很少有人研究，缺失蛋白很多未被發現。組織的特異性，儀器低靈敏度和蛋白的低分子量均能影響蛋白的被發現。比如1號染色體缺失的101條蛋白就與蛋白質檢測技術限制相關。

　　最后楊教授報告了蛋白質組學大規模檢測兩個階段的概要分析，肽段發現的總個數有助于蛋白的發現，但由于蛋白數的飽和質譜效率極差受到限制；分析所識別的蛋白和mRNA豐度的相關性，楊教授總結發現新蛋白必須要有新的策略。