極性鍵合相色譜儀分離機制有分配作用和吸附作用兩種說法。
一、分配作用：
把硅膠表面鍵合的極性基團視為一層液膜，樣品組分分子在流動相和極性液膜之間進行分配，按分配系數的差別而實現分離。
二、吸附作用：
把極性鍵合相視為一種弱吸附劑，樣品組分分子與固定相的極性基團發生誘導作用、氫鍵作用或靜電作用而實現分離。吸附系數大的組分，保留時間長。
作用力主要是范德華作用力的定向作用力、誘導作用力或氫鍵作用力。例如用氨基鍵合相分離極性化合物時，主要靠組分分子與鍵合相之間的氫鍵作用力強弱差別而實現分離，如分離糖類等。若分離含有芳環等可誘導極化的非極性樣品時，組分分子與鍵合相之間的作用力主要是誘導作用力。