與rRNA或核糖體亞基結合的蛋白質有二類。：一類與rRNA或核糖體亞基緊密連接，需高濃度鹽和強解離劑(如3mol/LLiCl或4mol/L尿素)才能將其分離,這類蛋白質稱為"真"核糖體蛋白質("realribosomalproteins")或簡稱為核糖體蛋白質。如E.coli30S亞基上的21種蛋白質及50S亞基上的34種蛋白質(共54種，因為小亞基上的S20與大亞基上的L26是相同)；或者在真核細胞40S亞基上的30種蛋白質及60S亞基上的45-50種蛋白質(共約80種),即屬此類。而另一類蛋白質則為與有功能的核糖體亞基疏松締合，能被0.5mol/L單價陽離子(如K+,NH4+)從亞基上洗脫，并對核糖體循環發揮調節作用的蛋白質，如起始因子(IF或eIF)和延長因子(EF)等，稱為核糖體相關蛋白質(proteins associated with ribosome；簡稱PAR)。PAR不是構成核糖體的固有成分。