在不同的構象異構體之間，由于非鍵合原子之間作用力的不同，使構象異構體在物化性質方面均表現一定的差異。構象分析正是以化合物適當的基態、過渡態和激發態的構象，對化合物的物化性質進行分析和解釋。這方面的內容因很廣泛，在此只能做一般的介紹。
對于構象異構體的穩定性，前面已經以乙烷、丁烷、十氫化奈和取代環己烷為例進行了說明。通過對取代環己烷的構象和一些物理性質間的關系總結出的“構象規則”認為，較不穩定的異構體，具有較高的沸點、密度和折光率。二甲基環己烷的有關物理常數如下：
其他的物理性質，如酸、堿的強度等也有不同，一般來說e羧基的解離度較大，如 4-反-叔丁基環己基甲酸(pKa=7.79）比其順式異構體酸（pKa=8.23）的解離度大。
各構象異構體的化學性質基本相同，但也有差異，如環己醇的羧基位于e鍵，環己甲酸的羧基位于e鍵，都比位于a鍵的易于酯化，其酯也易于水解，但環己醇的羧基位于a鍵則比位于e鍵的易于氧化。
構象異構體的生理活性也不同，如嗎啡的陣痛作用利血平的降壓作用，都與它們分子內六元環狀結構的構象有關。