對于采種、售種、用種的單位和個人來說，利用林木種子標準樣品庫儲藏林木種子可以有效延長種子的儲藏時間，保持種子的活力，從而達到安全貯藏的目的，因此林木種子標準樣品庫在林木等種子的儲藏中越來越受重視，不過很多人在使用林木種子標準樣品庫的過程中，往往認為將種子放入其中，調整好溫度、濕度等環境就可以了，其他都不用管了，但是實際上是不正確的，應用林木種子標準樣品庫儲藏林木種子期間，還需要進行一些檢查工作。
1.林木種子標準樣品庫的溫度檢查
溫度過高會增強種子的呼吸作用，從而導致種子霉變，因此利用林木種子標準樣品庫控制溫度是安全儲藏林木種子的重要手段，在種子儲藏期間，需要定期定時檢查庫體中的溫度變化，以確保林木種子標準樣品庫中的種子始終是處于合適的溫度環境中。
2.種子含水量的檢查
在種子進入林木種子標準樣品庫中貯藏之前，種子會經過嚴格的含水量檢測，只有符合標準才能夠進入庫中儲藏，因此含水量檢查是其中一項重要的檢測項目，如果在檢查的過程中發現含水量超過種子安全含水量時要及時干燥處理。
3.種子發芽率的檢查
在不確定貯藏條件的情況下，掌握掌握種子在儲藏期間發芽率的變化是檢查儲藏水平、確定儲藏方法的一種手段。如果種子發芽率迅速下降，那么需要及時查找原因，并通過調整林木種子標準樣品庫中的環境條件來進行改善，保證林木種子在儲藏的過程中擁有較高的發芽率。
在使用林木種子標準樣品庫儲藏林木種子期間開展定期的檢查工作，可以及時發現貯藏過程中存在的問題，并通過控制功能來加以改進，而且做好檢查工作，也有助于了解林木種子標準樣品庫的控制功能是否完善，能否達到條件，以及及時發現設備的故障情況，從而保證林木種子的安全儲藏效果。