果膠酶由各種植物(主要是真菌)、酵母、昆蟲、細菌和微生物天然產生,但不能由動物或人體細胞合成。在植物中,果膠酶可水解細胞壁中的果膠,促進新的生長和變化。與其在植物中的作用類似,果膠酶在真菌發育階段分解果膠。