優點：酶法提取果膠的相對分子質量（5.6×104）和提取率（91.02%）都較酸法（相對分子質量4.3×104、提取率42.0%）高得多，這為甜菜果膠產業化和進一步改性提高果膠品質提供了必要條件。
缺點：通過實驗發現，酶法提取果膠36h以后，反應體系容易染霉菌，在生產實踐中應注意防止染菌。酶法提取甜菜果膠反應時間長（90h），酶制劑用量大（15U/g）（酶活力單位），由于酶制劑用量的增加將顯著增加生產成本，這可能是酶法提取甜菜果膠至今沒能得到發展的原因。
