1、形態不同
染色質和染色體是同一種物質的兩種形態。染色質是伸展的狀態，染色體是高度螺旋的狀態。
伸展的染色質形態有利于在它上面的DNA儲存的信息的表達，而高度螺旋化了的棒狀染色體則有利于細胞分裂中遺傳物質的平分。
2、出現時期不同
染色質出現于間期，在光鏡下呈顆粒狀，不均勻地分布于細胞核中，比較集中于核膜的內表面。由于染色較深，在光鏡下常被誤認為是核的界膜。
染色體出現于分裂期中，呈較粗的柱狀和桿狀等不同形狀，并有基本恒定的數目(因生物的種屬不同而異)。例如人體細胞有染色體23對，共計46條。
3、構成不同
染色質是由DNA和許多組蛋白八聚體構成的核小體鏈，而后以每圈6個核小體進一步盤繞形成30nm纖絲的染色質2級結構。
染色體是在此基礎上結合了核骨架蛋白形成150nm突環，進而形成300nm玫瑰花結（6個突環），再進一步組成700nm的螺旋圈，最后螺旋圈組成1400nm的染色體。