柱層析法的分離原理是根據物質在硅膠上的吸附力不同而使各組分分離。一般情況下極性較大的物質易被硅膠吸附，極性較弱的物質不易被硅膠吸附。當采用溶劑洗脫時，發生一系列吸附→解吸→再吸附→再解du吸的過程，吸附力較強的組分，zhi移動的距離小，后出柱；吸附力較弱的組分，移動的距離大，先出柱。
硅膠柱層析流動相：
極性小的dao用乙酸乙酯：石油醚系統；極性較大的用甲醇：氯仿系統；極性大的用甲醇：水：正丁醇：醋酸系統；拖尾可以加入少量氨水或冰醋酸
一般都是利用極性相似相容原理，看流回動相與固定相的極性，大部分是固定相的極性小于流動相，然后流動相的極性與所要洗脫的物質極性比較接近，從而答將物質洗脫下來。