標準核酸序列的使用
將按DNA測序技術指導原則測定得到的供試品DNA序列與標準核酸序列進行計算比對，進而結合判定標準進行種屬鑒別或鑒定。判定標準的制定應考慮不同物種的變異范圍，并在相應通則或品種項下予以明確。核酸序列比對方法一般建議根據樣品特點從以下三種方法中選擇采用。
1.BLAST法
將待測樣品核酸序列與標準核酸序列數據庫進行比對，根據匹配分值來確定樣品對應的物種。
2.遺傳距離法
計算待測樣品核酸序列與數據庫序列之間的遺傳距離，根據遺傳距離值來確定樣品對應的物種。
3.系統發育樹法
比對標準核酸序列數據庫內多樣本序列，計算物種種屬內和種屬間遺傳距離，構建系統發育樹，根據聚類情況確定樣品對應的物種。
標準核酸序列應在規定的適用范圍內使用。如果作為其他目的使用，其適用性由使用者自行決定。
標準核酸序列的維護
標準核酸序列的建立單位應建立常規的質量保障體系，對其發行的標準核酸序列進行定期監測，確保標準核酸序列的及時更新。
標準核酸序列的數據存儲由國家藥典委員會統一管理。存儲的數據應包含樣本來源、提供單位、引物信息、原始測序峰圖文件、核酸序列等關鍵信息，以及可用于樣本物種鑒別或鑒別的其他有用信息。