標準核酸序列可分為植物來源、動物來源、微生物來源及重組生物制品的鑒別或鑒定用標準核酸序列等。
1.植物來源
植物來源的標準核酸序列系指用種屬來源明確的植物樣本按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，可用于植物來源的物種如中藥材、中藥飲片或提取物等的原植物鑒別或鑒定。
2.動物來源
動物來源的標準核酸序列系指用種屬來源明確的動物樣本按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，可用于動物來源的物種如中藥材（含飲片）和動物來源的生化藥、生物制品或藥用輔料等的原物種鑒別或鑒定。
3.微生物來源
微生物來源的標準核酸序列系指用種屬來源明確的微生物樣本按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，以及《伯杰氏系統細菌學手冊》收載的核酸序列，可用于生產、檢定及質控用菌毒種、污染的外源微生物等的鑒定和溯源。
4.重組生物制品
重組生物制品的標準核酸序列系指用種屬來源明確的生產用的工程菌、毒種或生物技術產品等按DNA測序技術指導原則測定得到的標準序列，可用于用菌毒株和動物細胞基質等的原物種鑒別或鑒定。