標志酶指細胞中某細胞器或亞細胞結構所特有的酶，根據此酶的特異反應，可以對亞細胞結構進行定位或定性。如：
細胞結構
標志酶
主要作用
內質網
葡萄糖-6-磷酸酶
-
溶酶體
酸性磷酸酶
過氧化物酶體
過氧化氫酶
將過氧化氫水解
線粒體外膜
單胺氧化酶
線粒體內膜
細胞色素氧化酶
線粒體膜間腔
腺苷酸激酶
質膜
5'-核苷酸酶
乙醛酸循環體
異檸檬酸裂解酶
葉綠體基質
核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶
