標記基因一般是指協助完成目的基因的檢測與鑒定的基因，一般情況下是在載體上必要基因體現：通過表達編碼出熒光蛋白（就是會發光的蛋白，這種蛋白可以觀察的），或者編碼出抗生素抗性物質（即是可以抵抗抗生素侵擾的物質）來證明，這種基因是存在的補充1：觀察到該種基因編碼的熒光蛋白=有這種基因=有目的基因補充2：可以在該種抗生素的培養基生存=這種抗性基因=有目的基因
