1、“作為重組DNA載體的重要標記”舉例：大腸桿菌的某種質粒具有青霉素抗性基因（該基因可以認為是標記基因），當這種質粒與外源DNA組合在一起形成重組質粒，并被轉入受體細胞后，就可以根據受體細胞是否具有青霉素抗性來判斷受體細胞是否獲得了目的基因。當人們用選擇培養基（比如含有青霉素的培養基），來培養受體細胞時，能夠在培養基中存活下來的受體細胞就可以認為是成功的導入了外源DNA，標記基因就起作用了。
2、“作為目的基因的細胞定位工具”舉例：通過將可定位檢測的標記基因（只要已知其序列，既可針對設計標記探針，從而對其進行細胞定位）與目的基因進行連鎖，當成功轉化目的基因，該基因同時又成功表達后，既可間接對其進行定位；或者已知目的基因（該基因本身就處于某細胞中）周邊序列，通過針對這些序列設計可插入標記基因，繼而對該標記基因進行檢測，也可間接對目的基因定位。