通常snRNA不是游離存在，而是與蛋白質結合成復合物，成為小核核糖核蛋白顆粒（small nuclear ribonucleoprotein particle, Sn RNP)。
snRNA不參與蛋白質合成活動，其重要功能是在RNA進行加工方面具有重要作用。
U3 snRNA與核仁內28S rRNA的成熟有關，而U1則是在核液中與前體mRNA的剪接加工有關。
snRNA中的蛋白質部分具有核酸酶和連接酶活性，能把轉錄在內含子-外顯子接點處切斷，并把兩個游離端連接起來。
