mRNA
mRNA含A、U、G、C四種核苷酸，每三個相聯而成一個三聯體，即密碼，代表一個氨基酸的信息，故按數學中排列組合法則計算，可形成43=64個不同的密碼。根據實驗結果，推得64個密碼與氨基酸的對應關系如下表。
mRNA密碼與氨基酸的對應關系
64個密碼中，61個密碼分別代表各種氨基酸。每種氨基酸少的只有一個密碼，多的可有6個，但以2個及4個的居多數。此外，UAA、UAG、UGA這三個密碼是肽鏈合成的終止信號，不代表任何氨基酸。在真核生物中，AUG既是甲硫氨酸的密碼，又是肽鏈合成的起始信號；而在原核生物中，GUG（在真核生物中是纈氨酸的密碼）和AUG樣，都是甲酰甲硫氨酸的密碼和肽鏈合成的起始相號。可見，除GUG外，所有的密碼從細菌到高等生物都能適用，這一點為生物的共同起源學說提供了有力的佐證。 [6]
必需指出：⑨在mRNA整個分子中，從起始信號直至終止信號，其密碼的三聯體是連續的，密碼與密碼之間沒有間隔的核苷酸；②起始信號AUG并非是mRNA的起始（5′端），而可以和5′端間隔若干個核苷酸；而且終止信號也不在mRNA的3′端。
tRNA
作為“搬運工具”的tRNA有很多種，體內20種氨基酸都有其自已特有的tRNA，所以，tRNA的種類不少于20種。tRNA在ATP供應能量和酶的作用下，可分別與特定的氨基酸結合。每個tRNA都有一個由三個核苷酸編成的“反密碼”。這個反密碼可以根據堿基配對的原則與mRNA上對應的密碼配對，而且只有當反密碼與mRNA上的密碼相對應時才能配合，否則就“格格不入”。所以在翻譯時，帶著不同氨基酸的各個tRNA就能準確地在mRNA分子上“對號入座”，依次與典密碼相合，這就保證了氨基酸能排列成一定的順序。
tRNA上的反密碼當然應能識別mRNA上相應的、互補的密碼，并與之配對。然而用提純的tRNA來進行實驗時，發現一種tRNA能夠識別幾種密碼。例如，丙氨酸tRNA，其反密碼為IGC（5′>3′），可以識別三種密碼。
rRNA
rRNA與多種蛋白質分子共同構成核蛋白體。核蛋白體相當于“裝配機”，能促使tRNA所攜帶的氨基酰基縮合成肽。核蛋白體附著在mRNA上，并沿著mRNA長鏈的起始信號向終止信號移動。至于rRNA在蛋白質生物合成中的具體作用還不清楚。