核糖核酸（RNA）測序

　　RNA在細胞中的穩定性較差，在實驗中也更容易受到核酸酶的攻擊。因為RNA是由DNA轉錄產生的，所以信息已經存在于細胞的DNA中。然而，有時也需要對RNA分子進行測序。雖然DNA測序給出了生物體的遺傳圖譜，但RNA測序卻反映了細胞中活躍表達的序列。為了給RNA測序，通常的方法是首先對從樣品中提取的RNA進行逆轉錄進而產生cDNA片段。然后可以如上所述方法進行排序。細胞中表達的大部分RNA是核糖體RNA或小RNA，不利于細胞翻譯，但通常不是研究的焦點。然而，包括通常是研究的熱點的豐富的信使RNA在內，這些都可以在體外除去。源自外顯子的這些信使RNA將被翻譯成支持特定細胞功能的蛋白質。因此，表達譜反應了細胞活性，特別是在疾病、細胞行為、對試劑或刺激的反應研究中。真核生物的RNA分子不一定與它們的DNA模板共線，因為內含子被切除了。這使得將讀取的序列映射回基因組并由此識別它們的來源具有一定的復雜性。