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  • 發布時間:2020-08-11 12:03 原文鏈接: 核轉錄分析

    實驗材料 cDNA0.45um 硝酸纖維素 尼龍膜 酵母 tRNA

    試劑、試劑盒 PBS NP-40 裂解緩: 20XSSC LNaOH 甘油儲存緩沖液 10X 轉錄緩沖液 核苷酸:ATPGTPCTP 200uCi「α32P]-UTP 10XSET 蛋占酶 K 無 RNase 的 DNase CaCI2 硫氰酸胍溶液 Tris-SDS 緩沖液 水飽和酚 氯仿異戊醇 無水乙醇 異丙醇 乙酸鈉

    儀器、耗材 紫外交聯儀 D 狹縫印跡裝 雜交箱

    實驗步驟

    一材料與設備


    1)cDNA


    2)PBS


    3)NP-40 裂解緩:0.5%NP-40,10mmol/LTris-HCl(pH7.4),3 mmol/LMgCl2,10 mmol/LNaCl


    4)20XSSC:3mol/LNaCl,0.3mol/L 檸檬酸鈉 (pH7)。


    5)1mol/LNaOH


    6) 甘油儲存緩沖液:40% 甘油,50 mmol/L Tris-HCl (pH8.3) 0.5 mmol/L MgCl2, 0.lmmol/L EDTA


    7)10X 轉錄緩沖液:l00 mmol/LTris-HCl(pH7.5),50 mmoI/LMgCl2,800 mmol/LKCllmmol/LEDTA,5 mmol/LDTT


    8) 核苷酸:ATP,GTP,CTP


    9)200uCi「α32P]-UTP:3000Ci/nmol。


    10)10XSET;5%SDS,50 mmol/LEDTA,50 mmol/LTris-HCl(pH7,4)


    11) 蛋占酶 K


    12) 無 RNase 的 DNase:1Omg/mL


    13)CaCI2:20 mmol/L


    14) 硫氰酸胍溶液:4mol/L 硫氰酸胍,25 mmol/h 檸檬酸鈉 (PH7.0),0.5%Sa    rcosyl0.lmol/L2-疏基乙醇


    15)Tris-SDS 緩沖液:Tris-HCl(PH7.2),1 mmol/LEDTA,0.1%SDS


    16) 水飽和酚


    17) 氯仿:異戊醇 (49:1)


    18)0.45um 硝酸纖維素/尼龍膜,


    19) 無水乙醇。


    20) 異丙醇。


    21) 酵母 tRNA:10 mg/ml。


    22) 乙酸鈉:2mol/L


    23) 紫外交聯儀 D


    24) 狹縫印跡裝


    25) 雜交箱。



    二、操作方法



    下面每一步均在 0-4°C 進行


    1)用冷的 PBS 洗 1X107-5X107 個細胞,1500 g 離心 5 min 收集細胞。


    2) 去除上清,重懸細胞于 PBS 中,1500 g 離心 5 min 收集細胞。


    3) 去除上清,加入 4 mlNP-40 裂解液,溫和渦漩振蕩, 冰上放置 10 min


    4) 于 4℃,400 g 離心 10 min 沉淀細胞核。用 NP-40 裂解液洗滌一次.


    5) 用 200ul 甘油緩沖液重懸沉淀,在顯微鏡下觀察細胞裂解情況。


    6) 分裝,凍存于液氮中。


    (二)核轉錄


    1) 在無菌離心管中加入:3X107 個細胞核,35% 甘油,20ul1OX 轉錄緩沖液,4 mmol/LATP,GTP,CTP,200uCi(α32P]-UTP, 加蒸餾水至 200ul 于 26°C 溫育 10 min


    2) 加入 10ul_DNase1,10ul20 mmol/LCaCl2,于 26℃ 溫育 lOmin,酶切核 DNA。


    3) 加入 2ul 蛋白酶 K,25ul10×SET,5ul 酵母 tRNA,于 37℃ 溫育 30 min。


    4) 加入 550ul 硫氰酸胍溶液,90ul2mol/LNaAc,900ull 水飽和酚,180ul 氯仿/異戊醇,置于冰上 15 min。


    5) 于 4℃,12000 g 離心 15 mm, 吸出水相。


    6) 加入等體積異丙醇,一 20℃ 沉淀 1-2 h。


    7) 于 4℃12000 g 離心 15mim 用 300ul  硫氰酸胍溶液溶解沉淀,


    8) 加入等體積異丙醇,一 20℃ 沉淀 1-2 h,


    9) 與 4℃12OOOg 離心 15mim, 用 70% 乙醇洗滌沉淀,用 1 mlTris-SDS 緩沖液溶解沉淀。總活性為 1X107-2X107cpm。


    (三) 雜交分析


    1) 在 100ul 的 25ug cDNA 探針或 50ug 線性質粒中加入 10% 體積的 lmol/LNaOH,使之變性。


    2) 溫育 15 min, 用 10 倍體積 6XSSC 中和。


    3) 剪裁大小合適的硝酸纖維素/尼龍膜。用 0.4mol/LTris(PH7.0) 溶液將膜浸泡30 min, 而后將膜置于狹縫印跡裝置上。


    4) 將 1-5ug DNA 加至膜上,真空狀態下于 80℃ 烘烤 2 h 或紫外交聯 2 min。


    5) 按常規方法進行預雜交,雜交。


    6)X 射線片,顯影分析。

     

    注意事項

    1) 洗膜的時間可根據實驗確定. 上要考慮使用的探針的性質和力求蕕得最小背景。


    2) 細胞核的質量是核失控轉錄測定的關鍵。Dounce 勻漿器有助于制備不易被 NP40 裂解的細胞的核。

     


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