酸效應：在強酸和高溫下核酸完全水解為堿基，核糖或脫氧核糖和磷酸。在濃度略稀的無機酸中，最易水解的化學鍵被選擇性的斷裂，一般為連接嘌呤和核糖的糖苷鍵，從而產生脫嘌呤核酸。
堿效應：當pH值超出生理范圍（pH7~8）時，對DNA結構將產生更為微妙的影響。堿效應使堿基的互變異構態發生變化。這種變化影響到特定堿基間的氫鍵作用，結果導致DNA雙鏈的解離，稱為DNA的變性。pH較高時，同樣的變性發生在RNA的螺旋區域中，但通常被RNA的堿性水解所掩蓋。
化學變性：一些化學物質能夠使DNA或RNA在中性pH下變性。由堆積的疏水堿基形成的核酸二級結構在能量上的穩定性被削弱，則核酸變性。